1991年，海珠区共下辖19个街道办事处、1个镇，设303个居民委员会、18个村民委员会。19个街道是赤岗、新港、晓港、小港、江南中、滨江、素社、纺织、基立、宝岗、跃龙、二龙、海幢、南华西、洪德、凤凰、沙园、昌岗中、南石头，1个镇是新滘镇。新滘镇设18个行政村委会：联星、石溪、五凤、瑞宝、三滘、沥滘、凤和、东风、红卫、龙潭、土华、小洲、赤沙、北山、仑头、琶洲、黄埔、官洲等村委会。

1991年7月，新滘镇从凤和村划出一部分成立桂田村委会。

1996年8月，增设石基村委会。

1996年9月，成立凤阳街道办事处，下设15个居委会、村委会。

1998年7月，海珠区街道办事处调整为12个，分别为：赤岗街、南石头街、新港街、沙园街行政区域不变；凤阳街行政区域扩大至整个五凤村；宝岗街、海幢街、跃龙街合并，取名海幢街；南华西街、洪德街合并，取名南华西街；纺织街、滨江街合并，取名滨江街；基立街、素社街合并，取名素社街；小港街、江南中街合并，取名江南中街；昌岗中街、晓港街合并，取名昌岗街；凤凰街、二龙街合并，取名龙凤街街道办事处。调整街道行政区域后，行政工作按属地管理。五凤村委会划归凤阳街管理；联星村下属28个经济社，行政工作属所在街道管理，联星村合作经济归口海珠区乡镇企业局管理。是年12月，成立瑞宝街，管辖新滘镇的瑞宝村和瑞宝第一、第二居民委员会。

1999年1月，成立江海街道办事处，下辖新滘镇的红卫、大塘、新村、台涌、石榴岗等5个居委会。

截至2000年底，海珠区下辖14个街道办事处、1个镇，下设389个居委会、20个村委会。

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